Tuffast tar kommissionen i mot Grekland som får ett andra varningsbrev med anledning av hur landets hela mottagande av flyktingar och asylsökande fungerar.
"Även om framsteg har gjorts finns en fortsatt och strukturell brist på mottagningsplatser, oberoende av de stora och oväntade inflöden som vi nyligen har sett", skriver EU-kommissionen som varnade Grekland i ärendet redan för sex år sedan.
Merparten av de övriga fallen - där även Sverige berörs - handlar om att länderna inte meddelat vilka åtgärder som har vidtagits för att genomföra olika EU-direktiv - om bland annat gemensamma regler för hur asylsökandet ska gå till och hur de asylsökande ska tas emot.
Totalt berörs 19 av länderna av åtgärderna.
"Moralisk imperialism"
Kommissionens kritik kommer inför kvällens EU-toppmöte i Bryssel om flyktingkrisen. I går drev unionens migrationsministrar igenom fördelningen av asylsökande, trots oenighet, och beslutade att fördela mellan sig 120 000 asylsökande som anlänt till Grekland, Italien och andra länder.
Fyra länder röstade nej: Tjeckien, Slovakien, Ungern och Rumänien. Åtminstone Slovakien lovar fortsatt motstånd, men menar att det inte kommer att bli tal om att riva upp det beslutet på mötet.
Ungerns premiärminister Viktor Orbán förkastar vad han kallar Angela Merkels "moraliska Imperialism".
– Ungern vill inte förändras på grund av flyktingkrisen och jag ber övriga länder att respektera det beslutet, säger Orbán vid en presskonferens i Tyskland, enligt Reuters.
Fler lagliga vägar
Statsminister Stefan Löfven räknar med att en stor del av diskussionen på Bryssel-mötet i kväll kommer att handla om hur EU ska kunna agera mer och starkare utåt, för att komma åt orsakerna till flyktingströmmarna från krishärdar som Syrien och Irak.
– EU måste bli en mycket mer aktiv spelare så att människor inte behöver fly, säger Stefan Löfven (S).
Han säger att EU, utöver det system för omfördelning av flyktingar i krissituationer som det redan finns överenskommelser om, måste ha ett tvingande och permanent system för att EU-länderna ska ha en jämnare fördelning av mottagandet av flyktingar. Några få länder, som Tyskland och Sverige, kan inte ta en så stor del av ansvaret som nu, enligt honom.
Fler lagliga vägar in i EU måste utredas och utrikes- och säkerhetspolitiken måste stärkas för att motverka flyktingkatastrofer.
Samtidigt menar Löfven att Europa även i fortsättningen ska ha reglerad invandring och att det måste vara ordning och reda i mottagandet av flyktingar.
– De som inte har skäl att stanna måste återvända, säger han på ett samråd med riksdagens EU-nämnd inför mötet i Bryssel.
Mer mathjälp
På mötet i Bryssel kommer Löfven också att stödja uppmaningar från FN-organ som UNHCR om att mer pengar behövs till katastrofhjälp, inte minst till mat, i flyktingläger i områden som gränsar till Syrien. Regeringen har beslutat att bidra med 25 nya miljoner till FN:s matprogram för den insats som görs i Syrien, som går utöver vad som aviserats i budgetpropositionen häromdagen.
– Och EU bör öka det politiska och ekonomiska stödet till Turkiet och länderna på Västra Balkan, säger statsministern.
Mötet handlar om ökad hjälp till syriska flyktingar i Turkiet och övriga Mellanöstern, men också om hur kontrollen av unionens yttre gräns kan skärpas.
När Storbritanniens premiärminister David Cameron och Frankrikes president François Hollande träffades för ett privat möte i går enades de om att EU-länderna bör göra mer för att återbörda migranter som inte har rätt till asyl inom unionen.
Mer pengar till mottagning
EU-kommissionen förelog i dag ett extra öronmärkt ekonomiskt stöd på 1,7 miljarder euro för att hjälpa medlemsländerna att hantera flyktingströmmarna. Pengarna ska användas inom EU "för att förbättra mottagningscenter och kapaciteten hos de länder där situationen är mest ansträngd", enligt ett uttalande från EU:s budgetkommissionär Kristalina Georgieva.